Ответом на ваш вопрос является волшебное слово "эпигенетика". Как уже было сказано выше, не все гены активны во всех клетках. Но еще точнее будет сказать, что не все гены даже теоретически МОГУТ быть активны в какой-то определенной клетке.
Один и тот же транскрипционный фактор, может в одних клетках включать и выключать десятки разных генов, а в других не демонстрировать никакого эффекта, потому, что эти гены в данном типе клеток выключены на эпигенетическом у ровне (на уровне хроматина), то есть упакованы так, что транскрипционный фактор до них просто не может добраться.
Подробности гуглятся по словосочетанию "эпигенетический ландшафт", но предупреждаю — чтение не для слабонервных :)
"Есть гены, работающие только в эритроцитах."
В человеческих эритроцитах ядра нет и там вообще гены не "работают", например.