По истории науки написано множество самых разных книг и статей. В качестве джентльменского набора я бы выделил следующие исследования.
Зубов В.П. Развитие атомистических представлений до начала XIX века. М., 1965.
Он же. Из истории мировой науки: избранные труды 1921-1963 гг. СПб, 2006.
Гайденко П. П. История греческой философии в её связи с наукой. М., 2000.
Она же. История новоевропейской философии в её связи с наукой. М., 2000.
Она же. Научная рациональность и философский разум. М., 2003.
Деар П. Шейпин С. Научная революция как событие. М., 2015.
Койре А. Очерки истории философской мысли. О влиянии философских концепций на развитие научных теорий. М., 2003.
Он же. От замкнутого мира к бесконечной вселенной. М., 2001.
Свасьян К. Становление европейской науки. М., 2002.
Грэхэм Л.Р. Естествознание, философия и науки о человеческом поведении в Советском Союзе. М., 1991.
Наука по-американски: Очерки истории / Пер. с английского; предисл. Д. Александрова. М., 2014.
Смит Р. История гуманитарных наук. М., 2008.
Исследованию истории академического сообщества Германии с 1890 по 1933 год посвящена книга Ф. Рингера:
Рингер Ф. Закат немецких мандаринов. М., 2008.
Статьи по истории науки есть и в эпистемологической энциклопедии:
Энциклопедия эпистемологии и философии науки / Сост. и общ. Ред. И.Т. Касавин. М., 2009.
Философский подход к истории науки присутствует во многих из названных выше книг, особенно он характерен для классиков постпозитивизма:
Лакатос И. Фальсификация и методология научно-исследовательских программ. М., 1995.
Лакатос И. История науки и ее рациональные реконструкции // http://filosof.historic.ru/books/item/f00/s00/z0000330/index.shtml
Кун Т. Структура научных революций. М., 2009.
Эти три работы полезны для понимания логики и закономерностей развития науки. Написаны понятно и содержат множество исторических примеров, которые потом укладываются в философскую концепцию науки. Как писал И. Лакатос, «философия науки без истории науки пуста; история науки без философии науки слепа».
Разумеется, для глубокого изучения необходима опора на первоисточники. В названных книгах приводятся многочисленные ссылки на такие произведения. Особенно рекомендую работу Г. Галилея «Диалог о двух главнейших системах мира – птолемеевой и коперниковой» – для понимания новоевропейской науки это, пожалуй, книга номер один.
Осмелюсь добавить к списку Игоря Дмитриева "Упрямый Галилей", "Искушение святого Коперника: ненаучные корни научной революции", "Неизвестный Ньютон. Силуэт на фоне эпохи" и Геннадия Горелика "Кто изобрёл современную физику?"
Из того, что в результате прочтения понравилось:
James E. McClellan III, Harold Dorn "Science and Technology in World History: An Introduction"
Daniel Todes "Ivan Pavlov"
М. В. Лоскутова, А.А. Федотова "Становление прикладных биологических исследований в России: взаимодействие науки и практики в XIX — начале ХХ вв. Исторические очерки"