Я думаю, что логичнее всего будет разделить ответ на две части, рассказав отдельно о космических десантниках (далее будет - СМ. от space marine) и космических десантниках Хаоса (далее - ХСМ. от chaos space marine).
С лоялистами все достаточно просто. Они не только восполняют потери, но еще и создают новые ордена СМ. Создание ордена называется основанием. Всего оснований было 26, и за одно основание создается несколько орденов (за 21 основание было создано более 40 орденов). В целом же количество орденов СМ поддерживается в пределах 1000 орденов, что при учете численности одного "Кодексного" ордена в 1000 СМ позволяет предположить, что на службе Империума находится порядка 1 миллиона СМ.
Кроме того, внутри каждого ордена ведется пополнение, взамен павших братьев. Процесс создания нового космического десантника довольно долгий, кроме того, далеко не все переживают процесс превращения из человека в СМа, но орден старается поддерживать свою численность. Пример процесса отбора рекрута и превращения его в СМа можете прочитатьв книге «Космический волк» (англ. Space Wolf) Уильяма Кинга.
Я думаю, что тезисы о малом и конечном количестве лояльных космических десантников уже опровергнуты.
С ХСМ все несколько сложнее. Точное количество десантников, которые смогли сохранить 9 легионов мятежников предположить достаточно сложно. Кроме того, уже между бандами ХСМ идет вражда, которая не идет на пользу их численности. Как же ХСМ восполняет свою численность?
Во-первых, новые ордена-предатели. Были случаи, когда целые ордена СМ переходили на стороны Хаоса.
Во-вторых, создание собственных десантников. Известны случаи, что мятежники нападают на крепости лояльных ореднов, с целью завладения генным семенем - основой для производства космического десантника, а уж недостатка рабов, для производства в Оке Ужаса точно нет. Вполне реально, что у отдельных легионов могло остаться необходимое оборудование, знания и люди. Другие же вполне могли бы такое оборудование похитить.
В-третьих, сама сущность Варпа позволяет ХСМ жить долго, очень долго. В рядах банд ХСМ вполне реально встретить бойцов, которые сражались еще на Терре.
В-четвертых, боги Хаоса стараются беречь своих избранных воинов (чемпионов). Прочитайте, например, про Люция Вечного, не уверен, что его будет просто убить.
В-пятых, магия Хаоса. Существуют Десантники Рубрики, те воины Тысячи Сынов, что имели сильные мутации и под действием мощнейшего заклинания - Рубрики Аримана, их тела были обращены в прах, а души навечно заточены в их силовой броне. Другой пример - чумные десантники из бывшей Гвардии Смерти, благословение Нургла (Бога смерти, болезней и разложения) делает их достаточно стойкими и живучими.
А каким образом удается производить новую броню? Ведь как я понял схемы производства новой брони утрачены для ХСМ?
К ответу выше добавлю, что Космодесант в Империуме берегут для спецзаданий или экзистенциальных угроз, а ХСМ-ов хрен убъешь, если ты обычный гвардеец или ополченец.