Согласен с ответами выше. Я бы еще добавил, что это значит, что человек очень ценит общение с вами и очень дорожит им. Я сам очень часто извиняюсь перед людьми, когда извиняться не за что.
А еще, я считаю, что корни имеют свое начало в воспитании человека, в том, как к нему относились в детстве родители и сверстники и как учили его самого относиться к окружающим.
Вообще, прочитав ваш вопрос,вспомнила рассказ Антона Чехова "Смерть Чиновника" (рекомендую к прочтению), но там была проблема больших и маленьких людей.