Если под «кланяется» подразумеваются возвратно-поступательные движения головы, это признак того, что лошадь испытывает определенный дискомфорт, например, ей щекотно, когда её чистят. Просто опущенная голова свидетельствует о доверии или как минимум отсутствии страха перед стоящим рядом человеком.
Кстати, на фото лошадь не кланяется, а всего лишь чешет морду о ногу)