В самой первой серии, при первой встрече команды R с Эшем и Пикачу, Пикачу легко и непринужденно разносит вдребезги огромный медицинский центр. Команду R впечатлила такая мощь и они задались целью заполучить этого покемона. Да, это несколько нелогично, что они охотятся именно за этим покемоном, ведь в той же первой серии показывают, что этих покемонов очень много и они используются как альтернативный источник энергии :)
Это же очень редкий и сильный покемон. Поймав его, они хотели подняться в глазах начальства, получить денег и подняться по карьерной лестнице.
Ну а еще, наверное, это дело принципа. Они ведь столько раз получали от него.