Начать нужно с того,что уголовный кодекс распространяется на всю территорию РФ. Церковь (говоря о Российской)-общественное место,находящееся в пределах границ РФ,то есть на её территории. Соотвественно, запрещено делать в церкви все то,что в принципе упомянуто в уголовном кодексе в качестве преступлений. Норм,содержащих прямое указание на "церковные"преступления нет :)
Однако,говоря о религиозных преступлениях,есть статья 148 нарушение права на свободу совести и вероисповеданий,под которую можно подвести какое-либо религиозное преступление. Так есть и 213 статья, карающая за хулиганство,отдельный пункт которой выделяет в качестве основания хулиганства религиозную ненависть. За возбуждение вражды по мотивам вероисповедания можно понести ответственность по 282 статье. Статья 214 (Вандализм) также может быть "притянута" к преступлениям в церкви.