Особой разницы нет.
Разве что баночное пиво лучше защищено от влияния солнечных лучей, которые не идут на пользу пиву при его длительном хранении; баночное пиво быстрее охлаждается и его проще перевозить, что упрощает логистику, а потому сказывается на итоговой цене (баночное пиво почти всегда дешевле аналогичного пива в стекле).
Впрочем, есть один американский айпиэй, который разливают только в банки и пивовары рекомендуют пить его исключительно из банки. Это можно объяснить тем, что при употреблении пива из банки / бутылки задействованы рецепторы отличные от тех, что задействованы при употреблении пива из бокала.