Нормальная среднестатистическая птица оказавшаяся в поезде и вынужденная там летать скорее всего сразу же начнёт тратить больше энергии чем обычно. Ошалеет же! По этому давайте рассмотрим гипотетическую птицу, которой всё равно в поезде она или нет, и во всех случаях летает одинаково.
Птица летает относительно воздуха. То есть, конечно, они летает сразу же относительно всего, но мы вправе взять любую систему отсчёта, по этому, пусть это будет воздух.
Если правильно выбрать систему отсчёта, то многие физические задачи становятся тривиальными: так и здесь.
Пусть для перемещения своего тела относительно воздуха на 1 метр птица в обычных условиях затрачивает N джоулей энергии. Тогда какая разница, если она это будет делать в закрытом вагоне? В закрытом вагоне она будет затрачивать такую же энергию (или совершать такую же работу).
Другое дело открытая платформа. Птиц обычно в таких не возят, и если пренебречь завихрениями воздуха у пола платформы, то вообще можно при таких условиях считать, что птица уже как бы и не в поезде. Так что этот случай можно вообще не разбирать.
С мухой абсолютно та же ситуация. То есть всё будет гораздо скромнее чем с птицей, но по-прежнему одинаково внутри и снаружи.
Буду признателен, если кто дополнит ответ разбором ситуации, когда рассматриваемый тут гипотетический поезд движется со скоростью близкой к скорости света. Так как в вопросе не сказано, что это поезд РЖД, то без рассмотрения влияния релятивистских эффектов ответ был бы неполным.