Причинный фактор заболевания не установлен. Предполагается провоцирующая роль вирусов, бактерий (например, вируса кори, микобактерии паратуберкулеза).
Вторая гипотеза связана с предположением, что какой-то пищевой антиген или неболезнетворный микробный агент способен вызвать аномальный иммунный ответ.
Третья гипотеза утверждает, что роль провокатора в развитии болезни играют аутоантигены (т. е. собственные белки организма) на стенке кишечника больного.