Проще сказать, где есть толпы туристов - таких мест в Токио не так-то и много: Одайба (хотя остров большой, там тоже есть тихие места), Асакуса (только центральная улица Накамисэ и сам храм, а если пойти по параллельным улочкам и вокруг, то там тоже толп не наблюдается), парадные ворота императорского дворца, Гиндза, "Небесное дерево", которое SkyTree. Еще толпы у собаки Хатико, но там вообще людно, там не только туристы. В остальных местах туристы только в честь мероприятий каких-нибудь да по выходным и праздникам, когда японцы массово семьями отдыхать ездят. Ах да, в Диснейленде еще толпы.
Но вообще чуть в сторону от любого объекта туристического отойти, и будет очень мало людей вообще, не только туристов.