Как правило, не имеет значения какого вероисповедания храм. Как и говорилось ранее, часто запрещают фотографировать со вспышкой по самой банальной причине - дабы не мешать остальным людям ярким светом. Другое дело, если в храме стоит какая-либо особо важная икона, тут играет определенную роль её история, возраст, реставрировали её или нет и тд. В данном случае вам могут запретить фотографировать отдельно эту икону или весь храм в целом (так сказать, лишний раз обезопасить её). Такие иконы обычно стоят в темной части храма, так как свет им вреден, может повредить краску/покрытие, да и потом если она уникальна, её фото нельзя никуда выкладывать. Другой причиной запрета фотографии может стать шум затвора, ведь в храме, как в библиотеке - желательно вести себя как можно тише.