Для клонирования берут ядро соматической клетки и пересаживают его в лишенную собственного ядра яйцеклетку. Если все прошло удачно, то запускается процесс эмбриогенеза - происходит дробление яйцеклетки, бластуляция, гаструляция и так далее (обо всех процессах подробно можно прочитать в интернете). Постепенно закладываются основные ткани, из которых развиваются органы - в том числе и головной мозг.
Отбросим вероятность мутаций в ДНК и предположим, что геном "оригинала" и клона одинаков. Однако это вовсе не значит, что эмбриональное развитие клона пойдет точно так же, как оно проходило у "оригинала" - это зависит от множества внешних факторов. Соответственно, нельзя утверждать, что мозг сформируется в точности так же (вероятность этого практически равна нулю). Значит, клон будет внешне неотличим от "оригинала", но характер его будет другим - даже при воспитании в одинаковой среде.