Всё нижеописанное является рассуждением автора на данную тему, и никоим образом не претендует на "правильность".
Это скорее следствие, чем причина. По древним меркам все непонятные явления приписывались невидимым силам (или Богам). Так и придумали этих самых Богов. Позже начали задаваться вопросами о том "кто мы?", "кто создал нас?", "кто создал этот мир?"... Нашлись люди, которые говорили с Богом (Богами), и толковали их "желания", а также объясняли как всё делать "правильно" обычным смертным, что бы не гневить Богов. Так и появилась манипуляция (ведь человеку свойственно из всего извлекать выгоду для себя любимого).
Управление людьми не было изначальной целью религии. Я бы даже отнёс религию, в какой-то мере, к философии - попытке понять и пояснить непостежимое, орудуя миннимальным набором информации.
Для манипуляции же нужен страх. Страх рождает правила и законы, которым во что бы то ни стало надо следовать, что бы то что вызывает страх не произошло опять. Любое происшествие объективно пока его не наделят чертами: "Боги наказали", "Боги гневятся". Таким образом гром который трактуют как "Гнев Бога" вселяет страх, вместо желания понять причины, и таким образом, автоматически становится средством манипуляции.
Ответ просто огонь!