Про Пакистан не сильно в теме, но кажется, что там и правда всё плохо.
А вот Индонезия как раз зачастую служит примером правильной государственной политики в отношении разных религиозных конфессий. На заре Индонезийской государственности, а именно в 1945 году, были сформулированы пять принципов мирного сосуществования или "панча сила" (термин заимствован из санскрита и звучит практически так же как соответствующий буддийский):
Вера в одного единственного бога
Справедливая и цивилизованная гуманность
Единство Индонезии
Демократия, направляемая внутренней мудростью.
социальная справедливость для всех людей в Индонезии.
Первый принцип не учитывает атеистов, но зато дает равные права всем основным религиозным конфессиям, а именно: мусульманам, католикам, протестантам, индуистам, буддистам махаяны. С последними пришлось хитро выкручиваться, потому что с единым богом в буддизме проблема :) но ребята справились. :) Это кстати при том, что буддистов в Индонезии 1 или 2 процента населения. На деле в местах компактного проживания разных конфессий действует разное религиозное законодательство. Например, на всем известном острове Бали основное население как раз индуисты, так у них шариат покруче исламского. Есть, например, праздник "Ньепи". Согласно местным верованиям, это первый день творения, когда духи облетают остров. И потому все должны тихо сидеть по домам, чтобы духи никого не заметили. Даже свет вечером включать нельзя. Так по улицам ходят дружины из местных жителей с палками и бьёт ослушников. И христиан и мусульман. Аэропорт не работает, в гостиницах никого даже на пляж не выпускают.
Точно так же аэропорт не работает на другие крупные праздники, например на Баланган и Кунинган, и все мусульмане (а мусульмане с Явы составляют основной поток туристов на Бали) воспринимают это как должное.
А на Моллукских островах так же изолированно живут христиане, которые, по идее, так же имеют право кого хотят бить палками если этот кто-то местные законы нарушит.
В то же время, как верно заметил Андрей Терлецкий, столкновения на межконфессиональной почве бывают. Но это скорее из-за того, что Индонезия, как и многие бывние колонии, образование в общем искусственное: в одну страну запихнули много разноплеменного народу который друг к дружке часто не питает добрых чувств...