Начнём по порядку. В результате анализа Y-хромосомы (передающейся исключительно по мужской линии, от отца к сыну) и митохондриальной ДНК (передающейся, наоборот, исключительно по женской) установлено, что всё нынешнее человечество действительно является потомком одного мужчины и одной женщины. Которые, однако, не были семейной парой, так как жили с промежутком в несколько тысяч лет.
Существовали ли в это время другие мужчины и женщины? Да существовали и в достаточном количестве. И гены этих мужчин и женщин у нас имеются. Пресеклись лишь линии их прямых потомков по мужской и женской линии, соответственно.
Более подробно этот вопрос рассмотрен в книге Александра Маркова "Эволюция человека", том первый.