Да, машинисты курят в кабине. Хотя это и запрещено, в том числе, внутренними инструкциями, но это не мешает машинистам курить в кабине и, даже, устанавливать там пепельницы.
Вы, наверное, удивитесь, но малую нужду машинисты довольно часто справляют так же во время движения поезда