На то у кошек есть свои причины.
Во-первых, будучи в воде, кошка обязана грести лапами (кстати, они отличные пловцы), и это делает её беззащитной перед врагом. Во-вторых, запах мокрой кошки усиливается, и это противоречит её охотничьим инстинктам. В-третьих, изменение температуры тела - перегревание или переохлаждение. Согласитесь, не каждый полезет в воду, не зная, удастся ли ему потом согреться или охладиться.
Если для Вас это большая проблема, то вполне можно научить кошку не бояться воды. Следует только запастись немалым количеством терпения и времени.