Это означает - не сошлись по ряду пунктов, причём совокупная важность пунктов, по которым не сошлись, перевешивает совокупность пунктов, по которым все нормально.
Что такое "пункты"? Например:
открытый/закрытый характер
спортивность/неспортивность
любовь к порядку/беспорядку
кругозор, интеллект достойные/нет
ценности: домострой, дети / жизнь в своё удовольствие без детей
в жизни развивается, узнает и пробует новое / лежит на диване
...
Вот вам простой пример - на дороге неуютно может быть лихачу на форде и дедуле на волге. Они вроде и едут в одном направлении но в совершенно разной скорости и манере. Тоже самое и здесь - можно стремиться к одной цели, находиться на одном поле но плясать по разному принося неудобство или проблеммы партнеру. Такое применимо ко многим ситуациям - работе, любви, сокамернику.