И не только во время окончания телефонного разговора. Слово "добро" значит то же самое, что и "ладно", "договорились", "ок" и так далее. Есть очень давнее выражение "порешить на добром слове", то есть прийти к консенсусу, уладить и договориться.
Возможно считают что "добро" как согласие, при этом возможно заканчивают очередную фразу диалога между людьми на доброй ноте, и тем самым желают добра собеседнику.