Достоверных сведений о том, как угонщики проникли в кабины пилотов, нет, хотя существуют некоторые предположения.
Прежде всего, все угнанные авиалайнеры были производства компании Boeing, где каждый самолет имеет специальный ключ для доступа в кабину (Boeing key). Возможно, угонщики имели копии подобных ключей.
В то же время, эти ключи по умолчанию имелись у всех бортпроводников American Airlines. Известно, что на рейсе 11, который протаранил северную башню ВТЦ, два бортпроводника были зарезаны террористами в ходе захвата самолета. Муж стюардессы, которая подверглась нападению при захвате рейса 11, утверждал, что его жена и другой атакованный бортпроводник имели при себе такие ключи.
Также были некоторые спекуляции на тему того, что террористы якобы никогда не проникали в кабину рейса 77, который врезался в Пентагон. Утверждалось, что данные Flight Data Recorder показывали, что дверь в кабину пилотов вообще не открывалась в процессе захвата самолета. На самом же деле в данных регистратора дверь находилась в состоянии "not working or unconfirmed" ("не работает или не подтверждено"), что могло быть вызвано целым рядом причин, включая такую, что на рейсе 77 дверь в кабину банально могла не иметь установленного датчика открытия-закрытия. Более того, регистратор хранил данные не только о последнем полете рейса 77, но и о 11 предыдущих. За 41 час полетов параметр состояния двери ни разу не принимал состояние, отличное от "0", что говорило о том, что за это время дверь ни разу не открылась. А это, конечно же, невозможно.