Скорее всего вы говорите об отверстиях, где крепились строительные леса. После строительства стены штукатурили, скрывая и эти отверстия. Но с веками штукатурка практически повсеместно разрушилась, обнажив и эти отверстия. Кроме того, существовали следы, которые оставляли инструменты, которыми поднимали и транспортировали каменные блоки. Со временем, эрозия делала эти углубления гораздо более заметными.