Наличие нескольких богов дает большее стилистическое разнообразие, позволяет основательно развернуться фантазии автора и сразу создает ощущение, что это совсем другой мир.
Потому что это простой и быстрый способ заявить "ЭТО СОВСЕМ ДРУГОЙ МИР (и отвалите, гг-да историки, со своими претензиями)!" По популярности с этим способом конкурирует только запихивание на небо двух лун.
Потому что Средневековье не было монотеистичным. Несколько направлений ислама(Суннизм,Шиизм,Ибадизм), Христианства (Православие,Католицизм,Протестантизм) соперничали с многочисленными ересями(катары, гуситы, лолларды и проч),иудаизмом, и банальным язычеством. Вот и выходило что вроде как бог един да каждый молится своему.
Много разных монотеистичных религий не равно политеистическим, как в фантастике на каждом шагу.