Сперва объясню, почему так может происходить.
Например, возьмем игру Half-Life 2. Процесс удаления ее через Uninstall.exe будет быстрее. Почему же так? Особенность структуры движка игры в том, что он состоит из кучи файлов (более 30000, если мне не изменяет память). В Uninstall.exe уже записаны все эти файлы, компьютер просто удалит их по очереди и все. Если же удалять папку с игрой, процесс займет больше времени, т.к. Windows нужно будет сперва самостоятельно составить список файлов для удаления.
Но это лишь частный пример, процесс деинсталляции для разных игр проходит по разному, с разной скоростью. Чаще всего удаление через Uninstall.exe происходит медленнее, чем удаление папки, т.к. эта программа так же удаляет и другие части игры, например, записи из реестра.
Никогда не удаляйте самостоятельно папку с игрой без крайней необходимости. После этого на вашем жестком диске останется куча лишних файлов, принадлежавших игре, но не находившихся в ее папке, а так же, множество записей в реестре. Для удаления игр и программ используйте деинсталлятор Uninstall.exe или утилиту "Программы и компоненты" в панели управления - это поможет поддерживать чистоту вашего жесткого диска.