Всё зависит от заболевания. Если вам надо получить справки для чего-либо, то в ПНД вам её выпишут, если ваше заболевание допускает получение этой справки.
Вообще понятие "учёт в ПНД" неверно, так как никакого учёта нету, посещать регулярно диспансер не надо, просто при первом посещении ПНД на вас заводят карту, как и в обычной поликлинике. Люди почему-то этого боятся.
Я оформлял академический отпуск через ПНД, никаких проблем после оформления не встречал. И вообще, работодатель, "пробивая по своим источникам" информацию о вас нарушает закон, так же работодатель не может требовать у вас справки из ПНД, только если вы сами не расскажете ему.
Если заболевание посерьёзней, то вы не сможет работать в гос. органах (если оно вам вообще надо), не сможете получить лицензию на оружие (аналогично).