Процесс переваривания как у бактерий, так и у любых живых организмов связан с ферментами – молекулами (чаще всего белковыми), катализирующими химические реакции в живых системах. Спектр ферментов очень широк, и бактерии с помощью них могут окислить практически любое органическое вещество, начиная с простых соединений (метана) и заканчивая сложными (белками, полисахаридами).
С неорганическими веществами сложнее: для переваривания части из них у микробов есть необходимые ферменты. Так, например, нитрифицирующие бактерии окисляют восстановленные соединения азота, серные бактерии – серу и ее соединения, водородные бактерии используют в качестве источника энергии водород. Целая группа микроорганизмов – хемолитотрофы – существует за счет окисления неорганических соединений.
Однако спектр неорганических соединений, подверженных микробному «перевариванию» невелик. Точно также микробы не могут окислять сложные полимерные соединения (большинство видов пластмасс, хотя в последнее время ученые открывают виды бактерий, способные их утилизировать). Тем не менее, это не означает, что эти вещества не могут быть разрушены бактериями: в процессе своей жизнедеятельности многие из них выделяют органические кислоты, спирты и другие вещества, разрушающие неперевариваемые материалы. На этом например основан метод биовыщелачивания – процесс обогащения руд металлов с помощью микроорганизмов.
Таким образом получается, что микробы могут переварить не все, однако разрушить могут практически все материалы, и это лишь вопрос времени.