Тут, конечно, вариантов тьма. Многое зависит от того, для каких целей вы изучаете язык, на каком уровне, с каким преподавателем, по каким методикам. Занимаетесь ли вы только лексикой и основами грамматики или шире - фонетикой, страноведением и т.п.
Основных вариантов ведения конспекта, думаю, два. Если вы ведете все записи в одной тетради, то вы можете либо разделить основные виды работы над языком на разделы и соответственно разделить и тетрадку (грамматика и упражнения по ней, лексика и упражнения на ее закрепление, тексты и работа с ними), либо вести записи по хронологическому принципу - подряд в порядке рассмотрения материала.
Подумайте, что удобнее для вас лично. Посоветуйтесь с преподавателем, с которым занимаетесь.