Не то что бы часто, а почти всегда в современном мире люди хранят что-то "в облаке". Это значит, что фактическое расположение данных, их структура, кол-во копий и др. подробности хранения недоступны вам.
Так вы арендуете склад для вашей информации. Часть из этой информации может быть "публична", часть - нет, но для управляющих этого склада доступно все (это совсем не значит что кто-то читает все ваши сообщения, но техническая возможность для этого есть). Соответственно, если специальным органам или хакеру понадобиться доступ, у них есть где развернуться; никакого тупика (не стоит верить людей и принципы, когда речь идет о деньгах).
Что бы зашифровать все ваши файлы используйте файловую систему с поддержкой шифрования. Это значит, что "облака", не поддерживающие шифрование структуры сразу не годятся. Большая часть мест, где вы могли бы хранить файлы, вы никак не можете их зашифровать или скрыть от того, кто предоставляет "склад"; и этим пользуются, причем не только и не столько "спец. службы".
Для того, что бы ваши данные оказались в относительной полной безопасности, необходимо применять шифрование. Применительно к файлам, "поставщик" супербезопасного "склада" должен поддерживать полное ассиметричное шифрование структуры файлов. То есть клиент просто выкачивает на "склад" уже зашифрованные файлы, и ключ остается только у него. При отсутствии ключа, расшифровать файлы невозможно. Лучше избегать симметричного шифрования, вроде AES и пр.
Как правило, пользователи, которым это известно, прибегают к помощи сторонних решений, которые шифруют данные и управляют ключами, или используют собственные сервера по той же стратегии. Если вы обеспекоены своей защитой, но не желатете снижать свой комфорт, у меня для вас плохие новости.