Прежде всего, бы связал это с биологическими особенностями человека, согласитесь, имея лицо, спину, две руки по бокам легко делить мир по двум перпендикулярным осям на четыре стороны света. Т.е. это напрямую связано с организаций пространства вокруг себя.
Пожалуй, первым прототипом такого пространства были пещеры, они имели вход, дальнюю стену проживания или поклонения божеству. Достаточно вспомнить древнеегипетские храмы скалах. В дальнейшем, когда стали создавать искусственные сооружения для поклонения богам, храмы, самой логичной конструкцией было прямоугольное помещение. Собственно, Древняя Греция считается колыбелью архитектуры и в целом современной цивилизации, их типология храмов, начиная от храма в антах, заложила развитие архитектуры и организацию внутреннего пространства на тысячелетия.
Кстати, если рассматривать доисторические мегалитические сооружения, некоторые Дольмены, были сложены из четырех камней и представляли собой сооружение с четырьмя углами, потому что чисто с технической стороны, 4 угла это достаточный минимум, для организации пространства с углами 90 градусов, так как в треугольниках как минимум два угла острых, что не комфортно для проживания, а фигуры с большим количеством углов избыточны. Да и перекрывать параллельные стены изначально удобней и проще, получается устойчивая конструкция.
Я думаю, что это просто оптимальная форма, потому что позволяет практично разместить мебель. К тому же, такую площадь гораздо легче высчитать, чем пятиугольную, например.