Лизосомальная мембрана весьма стабильна и не повреждается даже при наличии в лизосоме агрессивных энзимов, радикалов и кислой среды (рН в работающей лизосоме достигает 1,5-2 ед.).
И тому есть очень простое объяснение - мембранная стенка лизосомы устойчива к действию собственных ферментов.
Расщепление макромолекул в лизосомах идёт направленное, ферментативное. Конкретные молекулы расщепляются конкретными методами. При аутофагии, например, лизосома расщепляет клетку-хозяина, и в том числе себя.