Любой антибактериальный агент (кроме бактериофагов) действует не по принципу вредности микроорганизма, а по принципу его физиологии. То есть воздействует на организмы, имеющие сходные принципы строения/ работы. Так что обычно "накрывает" бактерий разной вредности.
Ну и, в отличие от современных антибиотиков, фитонциды никто не старался делать "для человека", скорее уж можно ожидать избирательности к бактериям, патогенным для растений