Возможно, потому что по латыни матка и клитор мужского. клитор, кстати, в русском языке мужского.
Вообще женский род в данном случае означает, что кому-то орган показался обладающим женской сути, не более того. Да и тут спорно -- вряд ли ёрш сильно мужественее щуки :)
Я думаю, бесполезно искать логику в тех или иных родах, просто так сложилось.
Ялда — это на иврите "девочка". Что там откуда пошло не знаю, хотя многие русские словечки родом из иврита. Еще Елда — это женское имя в осетинских сказаниях.