Есть ли нюансы, когда доктор может разглашать докторскую тайну капитану на флоте, например?

Еще сколько! Вот, например, один. У члена экипажа, после захода в один из Африканских портов, судовой врач обнаружил признаки лихорадки Эбола, а тот просит врача помолчать об этом, иначе спишут на берег. Во флоте, как гражданском, так и в военном, а также  армии, понятие врачебной тайны трактуется несколько иначе, чем на гражданке, в виду специфичности выполняемых задач.