Во-первых,из-за горизонтального положения тела.Слизь накапливается и раздражает дыхательные пути,что и является пусковым механизмом защитной реакции организма-кашля.
Во-вторых,ночью процессы в организме протекают пассивно,в данном случае замедляется рассасывание слизи в носоглотке и ухудшается кровообращение в легких,что также приводит к накоплению мокроты.