Думаю, главная причина всё-таки в том, что вода отражает небо, и её цвет в отражённом свете сильно от цвета неба зависит. А небо над Невой чаще всего серое.
Возможно, из-за нефти/масла/солярки с туристических катеров.
У гринпис Нева, оказывается, давно на заметке, в 2009-ом аж круглосуточный сброс нефтепродуктов из трубы водоканала (казалось бы, откуда у водоканала нефтепродукты - загадка блин) в реку.