Например, в XVII веке на Тибете велась довольно кровавая война между представителями двух ветвей буддизма - желтошапочного и красношапочного. Собственно, именно победа желтошапочников обеспечила их лидеру, Далай-ламе, тот высокий статус, который он сохранят и до сих пор.
Правда, в этой войне трудно разделить политические и собственно религиозные мотивы сторон - под предлогом насаждения своей веры мелкие тибетские князья боролись за влияние и за территории. Но то же самое можно сказать практически о любой религиозной войне в любой части земного шара (в том числе, скажем, и о Тридцатилетней, которая ровно в то же самое время велась на противоположном краю Евразии).
а можно, пожалуйста, еще примеры?