Наследие советского периода. Тогда было важно, что:
(1) в Краснодарский край входит Адыгейская автономная область,
(2) Москва это экономический центр, вокруг которого организовано хозяйство региона,
(3) ненцы Ямала это малочисленный народ, который имеет право на автономию подходящего масштаба.
Логика административного деления с тех пор изменилась, а названия остались.
Территориальные единицы разного типа в Советском Союзе получались из сложения двух принципов: экономического и национального (этнического). Национальная политика предполагала, что каждый народ должен иметь свой административный "домик", который мог иметь статус от союзной республики (высший) до национального района (низший). Промежуточными "этажами" были, сверху вниз, автономная республика, автономная область и автономный округ (до 1970-х годов - национальный округ). Название "национальный/автономный округ" имело понятный смысл в довоенные годы, когда края/области были укрупненными: между краем/областью и районом тогда существовал промежуточный уровень - округ, размером примерно c небольшую современную область.
Различие между краями и областями возникло во время "районирования" (административной реформы) 1920-х годов. И те, и другие создавались как большие территориальные единицы первого уровня. Разница была в том, что в состав края входили автономные области (иногда республики), а в составе области этнических "вложений" не было или входили только национальные округа/районы. Все края и области считались "экономически обоснованными" и представляли из себя, в теории, как бы "цеха" единой "фабрики", но края были чуть более сложными "цехами" из-за этнических особенностей, которые надо было учитывать.
Критерий, отличающий край от области, строго работал в 1930-е годы, когда территориальное деление меняли под новую советскую конституцию. После того, как автономная область становилась автономной республикой и исключалась из состава края, "её" край преобразовывался в область. Северный край, Горьковский, Куйбышевский, Сталинградский, Саратовский, Кировский и Восточно-Сибирский края потеряли свои автономные единицы (Коми, Марийская, Чувашская, Мордовская, Калмыцкая, Немцев Поволжья, Удмуртская, Бурят-Монгольская) и стали областями. По такому же правилу, например, в 1937 году при разделе Азово-Черноморского края одна его половина стала Краснодарским _краем_, а другая Ростовской _областью_: в первую входила автономная область (Адыгейская), а во вторую - нет.
К концу советского периода правило, что в состав края должна входить автономная область, тоже в целом соблюдалось: в Алтайский край входила Горно-Алтайская автономная область, в Краснодарский край - Адыгейская, в Красноярский край - Хакасская, в Ставропольский край - Карачаево-Черкесская, в Хабаровский край - Еврейская. Исключением был Приморский край. Разрыв с советской нормой произошел в 1990 году, когда все автономные области (кроме Еврейской) объявили себя республиками, и все пять (включая Еврейскую) вышли из "своих" краев. На этот раз, в отличие от 1930-х годов, края так и остались краями, и с тех пор название "край" уже ничего не значит, просто "так сложилось".
Во второй половине 2000-х годов название "край" получило еще одно новое значение: субъект федерации, созданный после объединения области со "своим" автономным округом. Краями такого типа стали Пермский, Камчатский и Забайкальский (бывшая Читинская область), плюс Красноярский край, который уже был краем с советского времени. Формального закона, что надо в таких случаях называться краем, не было, поэтому Иркутская область после объединения с Усть-Ордынским округом так и осталась областью.
С автономными округами сейчас, на самом деле, всё сложно. Автономные округа, с одной стороны, считаются равноправными с другими субъектами федерации, это конституционная норма 1993 года. С другой стороны, из оставшихся четырех округов три (Ненецкий, Ханты-Мансийский, Ямало-Ненецкий) по-прежнему официально входят в состав "своих" областей, Архангельской и Тюменской. Как обращаться с "матрешкой", части которой равноправны и при этом входят одна в другую - сложная задача, которую уже четверть века пытаются решить с переменным успехом. Из-за того, что все все три "вложенных" округа превратились в центры нефте- и газодобычи, ставки в этой задаче велики и решать её стараются осторожно, "договоритесь уж там как-нибудь".