Потому что микроорганизмы -- это очень разнообразная группа, между собой они отличаются примерно так же, как животные и растения.
Посему у разных микроорганизмов разные способности, в том числе и в плане выработки резистентности
насчет механизмов :
-наличие фермента бетта-лактамазы у бактерий, который расщепляет бетта-лактамовое кольцо пенициллинов
-генные мутации, которые приводят к изменениям метаболизма бактерий
-отсутствие структуры, которая является мишенью антибиотика