В области архитектуры никаких различий нет.Эти слова являются синонимами в данный момент.Храмом называлось сооружение,а также некое вместилище,например "тело-храм души",храм искусства и т.д. А вот церковь изначально именовался именно институт взаимодействия собрания людей и Бога. Потом это перешло в название постройки. Ну как например слово собор в значении собрания людей,потом перешло также на название здания.