Не с медицинской точки зрения, но со своего личного опыта скажу, что живот у меня на утро болит либо из-за нервов, "потраченных за ночь", когда я могла бы спать, либо потому что желудок банально хочет есть. Думаю, обоими способами неравная система, подключая другие органы, таким образом говорит нам "огромное тебе спасибо, мой человек, за такую замечательную бессонницу для нас всех!".
(Говорила, кстати, не учитывая никаких заболеваний вроде гастрита и соматических расстроиств, то есть с позиции здорового в этом плане человека.)