В таких случаях всему причиной традиция, а именно решение первого переводчика, первого исследователя, занимавшегося этой исторической личностью, первого писателя, написавшего про него/нее и т.п. Если в "дебютном" источнике было "Елизавета" - именно переводной вариант, то его и повторяют в остальных. Как бы складывается устойчивый вариант, от которого и стараются плясать. Хотя бывают и разночтения. Вообще, раньше преобладала тенденция к переводу или поиску аналога. Джеймс превращался в Якова, очень "мутная" история с "Людовиками".
Конкретно "Елизавету" (Первую) адаптировали, возможно, для Ивана Грозного.
Исключительно традиция. Из той же оперы: ученый Ньютон - Исаак, а фантаст Азимов - Айзек, при том, что в двух случаях идет речь об одном и том же имени.
имя Elizabeth похоже на русское " Елизавета " , возможно что кто-то так назвал королеву Англии и имя прижилось.