Для начала - сообщить об этом бортпроводнику. Дальше по ситуации: от приёма каких-либо лекарств при несерьёзных случаях до экстренной посадки самолёта с последующей госпитализацией.

К сожалению, самолёты от этого никак не защищены. Обезопасить самолёт от птиц - задача аэропортов, которые различными способами "отпугивают" птиц от территорий, близких к ним.

Помимо того, что уже описано в другом ответе, при различных нештатных ситуациях (например, при сваливании самолёта) на большей высоте у пилотов есть больше времени для устранения возможной опасности.