Странный вопрос. Полагаю, ограничение в том, что Вы не сможете занимать должности, для которых высшее образование необходимо. P.S. Но Президентом РФ стать можете. :)
"То, что принято без доказательств, может быть отвергнуто без доказательств" (с) Евклид. Атеист не должен ничего никому доказывать, так как опровергать то, у чего и так нет фактов, глупое занятие.