На самом деле, номера даются исторически. Там, где можно сохранить привычный публике номер, его никогда не станут менять. Это предмет такого здорового консерватизма. Если люди привыкли к 144-му автобусу и к тому, что он ходит по Ленинскому проспекту, то этот 144-й автобус должен сохранить свой номер. То есть обычно организатор перевозок очень внимательно следит за привычками пассажиров и старается их не обижать, потому что это невыгодно. Но город растет, и количество маршрутов наращивается. Если сначала хватало двузначных номеров, то теперь появились трехзначные. Но это чисто эволюционный процесс. Специально номера никто не придумывает. Хотя формально, разумеется, номер очередного маршрута будет утвержден приказом по департаменту транспорта Москвы.